In der Abteilung Pneumologie/Allergologie werden in verschiedenen Spezialambulanzen und im stationären Bereich einschließlich der Intensivmedizin Patienten mit praktisch allen Erkrankungen der Lunge und der Atemwege betreut. Besondere Schwerpunkte bilden neben dem Asthma und der chronischen Bronchitis (COPD, Emphysem) die Mukoviszidose und die Lungentransplantation. Die bösartigen Neubildungen der Lunge (Lungenkarzinom) bilden ein weiteres wichtiges Aufgabenfeld, wo die verschiedensten Therapieformen in Kooperation mit Chirurgie und Strahlentherapie koordiniert werden und die Chemotherapie stationär oder ambulant durchgeführt werden kann. Ein besonderes Aufgabengebiet liegt in der Diagnostik und Behandlung der Seltenen Erkrankungen (rare diseases).

Der Leiter der Abteilung, Herr Prof. Dr. T.O.F. Wagner, erhielt den Ruf nach Frankfurt im Jahr 1997. Seine Abteilung gehört auch wissenschaftlich zu den führenden Einrichtungen Deutschlands, wo insbesondere auf dem Gebiet der Mukoviszidose mit Förderung aus verschiedenen Quellen grundlegende Erkenntnisse erarbeitet werden. Im Vorstand der Deutschen Lungenstiftung und des Mukoviszidose e.V. bemüht er sich um eine dringend benötigte bundesweite Verbesserung der Versorgung auf pneumologischem Gebiet in Universitäten und Kliniken sowie bei der Betreuung erwachsener Patienten mit Mukoviszidose.